本県は栄養豊かな内海性の播磨灘、黒潮の影響を受ける外洋性の太平洋、中間的な特性の紀伊水道という3つの豊かな海を有する一方、清流吉野川など河川環境にも恵まれ、多種多様な海・川の幸を産します。

水産研究課は、明治34年に徳島県水産試験場として創立され、組織改正により、平成17年に徳島県立農林水産総合技術支援センター水産研究所、平成25年に同水産研究課になりました。

水産研究課鳴門庁舎では、海藻養殖や藻場造成の技術開発、赤潮・貝毒等漁業環境保全対策調査、及びアユ等内水面漁業の調査研究を、美波庁舎では、漁業資源調査、漁業調査船「とくしま」を用いた漁海況情報の収集・発信などの水産資源を効率的に利用するための調査研究、及び病害対策等安全安心な水産物を提供するための調査研究に取り組んでいます。

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